Porturako sarbideaBilboko Portua duela 700 urte baino gehiago sortua da, dokumentazioaren arabera, baina itsasadarra askoz lehenagotik erabili zen babesleku natural gisa.
Erdi Aroan, itsasontziak San Anton elizaraino iristen ziren, Bilboko hiribildua babesten zuten harresien sarreraraino, mareen ur gazia Nerbioi ibaiaren ur gezarekin nahasten den tokiraino hain zuzen ere. Garai hartan, Gaztelako goi-lautadako salgaien Europaranzko irteera eta Atlantikoko itsasertzeko eta Ameriketako kolonietako produktuen Iberiar Penintsularako sarrera zen Bilboko portua.
1511n, Bilboko Kontsuletxea sortu eta itsasadarraren kanalizazioa hobetzeko lanak egin ziren. 14 kilometro ditu itsasadarrak, Kantauri itsasoko bokaleraino. 1872an elkartu ziren merkatari, meatzari, ontzigile eta industrialak Bilboko Portuko eta Itsasadarreko Obra Batzordea sortzeko. 1877. urtean, Evaristo de Churrucak (pertsonaia oso garrantzitsua Bilboko historian),Portugaleteko Burdinazko Kaia amaitu zuen, zingo handiko itsasontziei itsasadarrean sartzeko aukera ematen zien portuko lehen obra.
1902an, xafla handia eraiki zen Santurtziko dikearen eta Algortako kontrakaiaren babesean. Horrela, Portua itsasoraino iritsi eta kontinenteko itsas azpiegitura handienetarikoa bihurtu zen.
1975ean, Punta Luceroko dikea eraiki zenean, “Kanpoko Abra” deituriko itsas eremua itxi egin zen. Petrolio-produktuetarako hango terminalek portuko zerbitzuen eskaintza areagotu egin zuten.
Handitzeko obrak egiten hasi zirenetik (1992), Bilboko Portu Agintaritzak 500 milioi euro inbertitu ditu itsasoari 2 milioi metro karratu eta atrakatzeko beste 3 kilometro irabazteko, 20 eta 25 metro arteko sakonerarekin.
