Bilboko Portuko Agintaritzak gobernatzen du Bilboko Portua. Estatuko Portuak erakunde publikoaren partaide de agintaritza, eta legez ezarritako funtzioak eta eskumenak ditu.
Portuko Agintaritzak planifikatzen eta gauzatzen ditu salgaien itsasoko joan-etorriekin eta garraio moduak aldatzearekin lotutako jarduerak egiteko beharrezkoak diren azpiegitura-obrak.
Portuko zerbitzugunea zertarako erabili behar den agindu eta portuko jabetza publikoa kudeatzen du. Horretarako, emakidak eta baimenak ematen ditu, errentagarritasun eta eraginkortasun irizpideak kontuan hartuta.
Merkataritza-zerbitzuak finkatu eta portuko instalazioak erabiltzeagatiko Bezeroei eskainitako prezioak (Tasak eta Tarifak) biltzen ditu.
Portuko Agintaritzak beste sozietate batzuetan parte hartzea ere erabaki dezake.
Azken batean, Zerbitzuaren eta Portuko Poliziaren Arautegi Orokorraren proiektua ere garatzen du Portuko Agintaritzak. Hor dator jasota salgai arriskutsuen onarpen, manipulazio eta biltegiratzearen ikuskaritza.